中山大學(xué)藥學(xué)院于2002年開(kāi)始籌建，2003年正式掛牌，是原中山大學(xué)和中山醫(yī)科大學(xué)2001年合并為新中山大學(xué)后成立的第一個(gè)學(xué)院。學(xué)院以生命科學(xué)學(xué)院藥學(xué)系為基礎(chǔ)，整合當(dāng)時(shí)化學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院、中山醫(yī)學(xué)院相關(guān)藥學(xué)資源，依托中山大學(xué)雄厚的綜合力量組建而成。學(xué)院的總體發(fā)展目標(biāo)是以創(chuàng)新藥物研究為龍頭，建設(shè)具有國(guó)內(nèi)先進(jìn)水平、某些領(lǐng)域在國(guó)際上有較大影響的科學(xué)研究與高層次人才培養(yǎng)基地。

學(xué)院現(xiàn)為國(guó)家藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)和博士后科研流動(dòng)站，擁有“藥理學(xué)”國(guó)家二級(jí)重點(diǎn)學(xué)科及“藥學(xué)”廣東省一級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，擁有一支包括中國(guó)科學(xué)院院士、國(guó)家級(jí)人才項(xiàng)目獲得者等在內(nèi)的學(xué)術(shù)思想活躍、開(kāi)拓進(jìn)取、團(tuán)結(jié)合作、奮發(fā)有為、實(shí)力雄厚的師資隊(duì)伍。學(xué)院目前擁有抗感染新藥研發(fā)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、新藥成藥性評(píng)估及評(píng)價(jià)國(guó)家地方聯(lián)合工程實(shí)驗(yàn)室、重大疾病新靶點(diǎn)與藥物研究創(chuàng)新引智基地3個(gè)國(guó)家級(jí)平臺(tái)基地、12個(gè)省部級(jí)實(shí)驗(yàn)室和中心，科研場(chǎng)地超過(guò)12000平方米。

建院以來(lái)，學(xué)院科研項(xiàng)目合同經(jīng)費(fèi)已突破10億元。共承擔(dān)縱向科研項(xiàng)目1200余項(xiàng)，其中主持國(guó)家重大新藥創(chuàng)制專項(xiàng)16項(xiàng)、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目5項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目338項(xiàng)。在Nat Catal, Nat Commun, PNAS, Cancer Discov, Gut等國(guó)際知名期刊發(fā)表高水平論文2600余篇；獲授權(quán)發(fā)明專利380余項(xiàng);獲教育部高等學(xué)?？茖W(xué)研究?jī)?yōu)秀成果獎(jiǎng)、廣東省科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)等獎(jiǎng)7項(xiàng)。為地方政府和企業(yè)提供技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù)與技術(shù)咨詢等服務(wù)840余項(xiàng)。目前有4個(gè)新藥品種完成III期臨床試驗(yàn)或正處于臨床試驗(yàn)階段。

建院以來(lái)，學(xué)院共培養(yǎng)2600余名本科生、2400余名碩士研究生、750余名博士研究生。畢業(yè)生奔赴祖國(guó)各地，為國(guó)家建設(shè)做出重要貢獻(xiàn)。

經(jīng)過(guò)20年建設(shè)發(fā)展，中山大學(xué)藥學(xué)學(xué)科實(shí)力持續(xù)提升，連續(xù)入選教育部第一輪和第二輪“雙一流”建設(shè)學(xué)科名單，在教育部第五輪學(xué)科評(píng)估中取得歷史最佳成績(jī)。2024年，USnews“藥理學(xué)與毒理學(xué)”排名全球第18位，軟科“藥學(xué)”排名全球第11位，ESI“藥理學(xué)和毒理學(xué)”排名進(jìn)入全球前0.17‰。