北京大學(xué)藥學(xué)院是全國重點藥學(xué)院（系）之一，是國家最早建立的高等藥學(xué)院校之一。本科曾設(shè)本草、制藥、藥學(xué)、藥檢、藥物化學(xué)、生藥學(xué)、應(yīng)用化學(xué)（醫(yī)藥）、藥理學(xué)等專業(yè)，2001年至今設(shè)藥學(xué)專業(yè)，是國內(nèi)唯一培養(yǎng)六年制本碩連讀的藥學(xué)專業(yè)。學(xué)院以建設(shè)國際一流藥學(xué)學(xué)科、引領(lǐng)國內(nèi)藥學(xué)教育發(fā)展、培養(yǎng)高層次研究型藥學(xué)人才為目標(biāo)。

1943-1945年劉思職教授任系主任，1945-1947年陳同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院長，1988-1999年張禮和教授任院長，1999-2004年彭師奇教授任院長，2004-2005年劉俊義教授任常務(wù)副院長，2005-2016年劉俊義教授任院長；2016-2023年，周德敏教授任院長；2023年7月起，葉敏教授任院長。

藥學(xué)院由七系（化學(xué)生物學(xué)系、藥物化學(xué)系、天然藥物學(xué)系、藥劑學(xué)系、分子與細(xì)胞藥理學(xué)系、藥事管理與臨床藥學(xué)系、藥物分析學(xué)系）、一室（天然藥物及仿生藥物全國重點實驗室）、一所（應(yīng)用藥物研究所）、一中心（藥學(xué)實驗教學(xué)中心）組成。下設(shè)四個委員會：學(xué)術(shù)委員會、教學(xué)委員會、安全管理委員會、儀器設(shè)備購置及使用委員會。

北京大學(xué)藥學(xué)學(xué)科于2007年被認(rèn)定為國家一級重點學(xué)科，下有三個國家二級重點學(xué)科，即藥物化學(xué)、生藥學(xué)及藥理學(xué)；2017年入選教育部雙一流建設(shè)學(xué)科。QS排名連續(xù)多年居中國大陸首位。藥學(xué)學(xué)科進(jìn)入ESI全球前1%學(xué)科，在教育部第四輪學(xué)科評估中為A，第五輪學(xué)科評估北京大學(xué)藥學(xué)學(xué)科位居前列。

學(xué)院師資隊伍力量雄厚，凝聚和培養(yǎng)了一批領(lǐng)軍人才和青年骨干，形成了以新體制為核心的高水平師資團(tuán)隊。截至2024年中，在崗教工169人，其中正高職稱41人，副高職稱71人，中級職稱55人，初級職稱2人。學(xué)院專任教師127人?，F(xiàn)有院士3人，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)部委員1名，長江學(xué)者特聘教授4人，杰青11人，優(yōu)青9人，國家級人才計劃青年項目14人，青年長江學(xué)者3人，青年拔尖人才4人，新世紀(jì)人才11人。先后有5位教授遴選為院士（王序、樓之岑、王夔、張禮和、張強(qiáng)），有5位校友當(dāng)選兩院院士（安靜嫻、于德泉、張禮和、劉昌孝、黃璐琦），1955屆校友屠呦呦榮獲諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎，是國內(nèi)首位諾獎科學(xué)家。學(xué)院教師中另有國家“973”等重大項目首席8人；國家級突出貢獻(xiàn)專家5人；基金委創(chuàng)新群體和教育部創(chuàng)新團(tuán)隊5個；全國優(yōu)秀教師1名，北京市教學(xué)名師3名，北京市優(yōu)秀教師8名。40余位專家在藥學(xué)領(lǐng)域國內(nèi)外知名期刊擔(dān)任主編/副主編，在藥學(xué)類學(xué)術(shù)組織任常務(wù)理事/主任委員等職；在國家/省市相關(guān)部門作為智庫專家，參與國家政策/法律法規(guī)咨詢研究及標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)和指南規(guī)范的編制。

學(xué)院在校學(xué)生1159人，其中博士研究生312人、碩士研究生302人，六年制本碩連讀本科階段學(xué)生516人。本科生生源90%以上來自各省市高考成績前500名甚至200名；研究生生源80%以上來自雙一流高校。在全國率先試點并完成首屆Pharm.D專業(yè)學(xué)位培養(yǎng)。2021年藥學(xué)專業(yè)入選“基礎(chǔ)學(xué)科拔尖計劃2.0基地”，獲批“藥學(xué)創(chuàng)新班”項目，從2020級本科生開始實行。學(xué)院不斷推進(jìn)教學(xué)改革、優(yōu)化課程體系、實行小班教學(xué)，近年來獲國家級教學(xué)成果二等獎1項、北京市教學(xué)成果一等獎2項、北京市教學(xué)成果二等獎2項，國家級精品課程1項、國家級精品資源共享課1項，教育部優(yōu)秀教材獎2項、北京市精品教材5項。2020年《藥物化學(xué)》獲得“國家級線下一流本科課程”榮譽(yù)稱號。

學(xué)院著力探索新藥研發(fā)原創(chuàng)性理論、方法和策略，作為第一完成單位五次獲得國家自然科學(xué)和國家科技進(jìn)步二等獎，三次入選中國科學(xué)十大進(jìn)展及中國醫(yī)學(xué)十大進(jìn)展。在病毒疫苗、藥物合成新方法、大分子藥物精準(zhǔn)修飾、藥物遞送系統(tǒng)等領(lǐng)域連續(xù)取得國際頂尖原創(chuàng)性成果，在Science、Nature、Nature Biotechnology等雜志連續(xù)發(fā)表高水平學(xué)術(shù)論文。 近5年承擔(dān)縱向科研項目520余項，獲批經(jīng)費5.87億元。

學(xué)院秉承“立足基礎(chǔ)、面向國際前沿和國家需求”的光榮傳統(tǒng)，長期支援西藏大學(xué)、新疆石河子大學(xué)，聯(lián)合培養(yǎng)學(xué)科帶頭人，實現(xiàn)國家級重點項目新突破。