藥學院成立于2001年，目前設有藥學、藥物制劑、制藥工程3個本科專業(yè)，擁有藥學、中藥學2個一級學科學術碩士學位授權點，以及藥學和生物與醫(yī)藥2個專業(yè)碩士學位授權點。藥學專業(yè)為國家一流本科專業(yè)、省高校品牌專業(yè)；藥物制劑專業(yè)為省一流本科專業(yè)；制藥工程專業(yè)為省一流本科專業(yè)，已通過中國工程教育專業(yè)認證。2022年中藥學學科獲批“十四五”江蘇省重點學科，藥學學科連續(xù)多年入選泰晤士中國學科評級B+榜單，藥理學與毒理學學科（領域）進入ESI全球大學和科研機構排名前2‰，入選 “軟科世界一流學科排名”，2014年“生物技術及其醫(yī)藥轉化”獲批江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程。

學院下設中藥學與藥學系、藥劑學系、制藥工程系和中心實驗室，現(xiàn)有在校本科生716人，碩士研究生299人，海外留學生56人。學院現(xiàn)有專任教師68人，其中教授18人，副教授32人，博士生導師11人，碩士生導師45人，具有一年以上海外留學經(jīng)歷的教師達62%。現(xiàn)有“國家百千萬人才工程”入選人員1人，享受國務院政府特殊津貼人員1人，江蘇省“333高層次人才培養(yǎng)工程”中青年科技領軍人才1人，省“雙創(chuàng)團隊”領軍人才1 人，省杰出青年基金獲得者1人，“江蘇省特聘教授”2人，“江蘇省高層次創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)人才引進計劃”（雙創(chuàng)計劃）2人，江蘇高校“青藍工程”中青年學術帶頭人1人、優(yōu)秀青年骨干教師2人，江蘇省“六大人才高峰”8人，江蘇省“雙創(chuàng)博士”7人。同時聘請多位企業(yè)研發(fā)管理高級人才作為兼職教師，在理論及實踐領域?qū)W生進行全方位培養(yǎng)。

學院以“教好書、育好人、創(chuàng)好藥”為辦學宗旨，始終以學生為中心，堅持特色鮮明高水平建設，培養(yǎng)學生全方位的綜合能力與素質(zhì)。專業(yè)教師全面參與學生的生活、學習及科技創(chuàng)新等方面的指導工作，建立了入學指導、專業(yè)指導、學業(yè)指導、科技創(chuàng)新指導、畢業(yè)論文指導等多方位的指導體系。教師教風嚴謹，藥劑系教工黨支部順利通過全國高校黨建工作樣板支部驗收，入選全國高校“雙帶頭人”教師黨支部書記“強國行”專項行動，獲評教育部“雙帶頭人”教師黨支部書記工作室及鎮(zhèn)江市首批“五星標桿黨支部”；《藥物分析》等課程入選國家級、省級一流本科課程，學院教師榮獲全國高校教師教學創(chuàng)新大賽一等獎、全國高等學校藥學類專業(yè)青年教師教學能力大賽特等獎等多項榮譽。學生學風優(yōu)良，榮獲“挑戰(zhàn)杯”全國大學生課外學術科技作品競賽特等獎等多項榮譽。

學院科研學術氛圍濃厚，近年來承擔國家科技支撐計劃項目、國家“863”項目子課題、國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金重點和面上項目等各級各類課題，總經(jīng)費6000余萬元；獲省市科技進步獎16項，其中教育部科技進步一等獎2項，中國商業(yè)聯(lián)合會科技進步特等獎1項，省部級二等獎3項；申請發(fā)明專利200余項，其中國際PCT專利4項，授權100余項（其中美國專利3項）；作為第一或通訊作者在國際權威雜志發(fā)表多篇高水平論文，主編、參編多部規(guī)劃教材。目前牽頭建設江蘇省食品新資源藥用功能開發(fā)工程研究中心，共建江蘇省名方制劑開發(fā)與中試研究科技服務平臺、江蘇省超臨界萃取天然藥物工程技術研究中心、水飛薊深度開發(fā)工程技術研究中心，為“安徽省石斛產(chǎn)業(yè)化開發(fā)協(xié)同創(chuàng)新中心”協(xié)同單位，與江蘇索普興大藥業(yè)等企業(yè)聯(lián)合建立了合成藥物研發(fā)中心、天智綠業(yè)藥物研究所等研究機構，已逐步形成了納米藥物傳遞與干細胞組織工程、脂筏色譜與中藥篩選、生物活性化合物合成篩選、藥物設計及其作用機理、物質(zhì)基礎及藥理機理、道地藥材品質(zhì)評價、天然活性成分高效分離與產(chǎn)品開發(fā)、中藥新制劑與質(zhì)量評價、藥用新材料等特色研究方向。

學院注重國際化進程，與美國哈佛大學、南加州大學、日本京都大學等海外高校建立了學術交流與協(xié)作關系，聘請了多名海外知名專家為學院兼職教授。學生在校期間可通過名校訪學項目，如赴哈佛大學、耶魯大學等名校學習交流，可參加“三國三?！眹H學術研討會等國際學術交流活動。學院已招收來華留學本科生、碩士研究生、博士研究生，與英國貝爾法斯特女王大學聯(lián)合開展碩士研究生雙學位培養(yǎng)項目。

學院充分發(fā)揮綜合性大學的優(yōu)勢，通過學科交叉、滲透，工藥結合，努力創(chuàng)建特色專業(yè)與特色學科，不斷提高辦學質(zhì)量與辦學層次，采取專業(yè)教育與素質(zhì)教育相結合、第一課堂教育與第二課堂教育相結合、校內(nèi)教育與校外教育相結合等多種方法，培養(yǎng)學生的創(chuàng)新能力、實踐能力和責任意識，已為國家培養(yǎng)輸送了4000多名從事研究、開發(fā)或應用的高級技術人才，涌現(xiàn)了一大批技術骨干。近五年畢業(yè)生平均就業(yè)率達95%，畢業(yè)生普遍受到用人單位好評。