藥學院原為長春中醫(yī)學院中藥系，學校1959年設中藥學專業(yè)，1978年始招本科生，1980年建中藥系，2001年更名為藥學院，是吉林省中藥學、藥學類高級專門人才培養(yǎng)基地。在校本科生、碩士研究生、博士研究生總計2800余人。學院師資力量雄厚，教職工112人，其中教授24人，副教授38人，高級實驗師5人，博士研究生導師48人、碩士研究生導師80人；國家級課程思政教學團隊1個，省級教學團隊2個，吉林省優(yōu)秀教學團隊3個，省教學名師4人。

現(xiàn)有一級學科（中藥學）博士后科研流動站1個、博士學位授權(quán)點1個，一級學科（中藥學、藥學）碩士學位授權(quán)點2個、碩士專業(yè)學位授權(quán)點2個。本科專業(yè)8個，其中國家級特色專業(yè)1個、國家級一流專業(yè)建設點2個，國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)1個、省級一流專業(yè)4個，中外合作辦學專業(yè)1個。中藥學專業(yè)2019年通過教育部專業(yè)認證，建立中藥學“基地班”開展中藥學拔尖人才培養(yǎng)改革，2020年獲吉林省計劃實施基礎科學中藥拔尖人才培養(yǎng)試驗項目。制藥工程專業(yè)卓越工程師班與修正藥業(yè)集團開展定制班培養(yǎng)，生物制藥專業(yè)金賽定制班成功入選吉林省緊缺人才培養(yǎng)定制班首批培育項目。

學院擁有國家級虛擬教研室1個，國家和省部級重點實驗室、研究室、工程中心等科研教學平臺15個，校外實踐基地39個；吉林省A類優(yōu)秀基層教學組織（引領示范類）課程組1個，國家級一流課程4門，國家級課程思政示范課程1門，省級一流課程7門、省級精品在線課程3門，省級虛擬仿真示范課程4門。承擔全國規(guī)劃、統(tǒng)編、創(chuàng)新教材編寫45部，其中主編13部。中藥實驗教學團隊和中藥學“兩段雙向型”人才培養(yǎng)創(chuàng)新團隊被評為省級優(yōu)秀教學團隊。學院建有“七星百草園”實踐教學基地；同時與省內(nèi)外39個醫(yī)藥企事業(yè)單位建立穩(wěn)定的實踐教學基地，作為國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練基地，承擔國家和省大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練項目114項。取得省級教學成果二等獎1項，校級獎5項。

共承擔科研課題162項，其中國家自然科學基金、重大新藥創(chuàng)制及國家各部委項目29項。取得省部級以上科研成果47項，其中科技進步獎22項，為吉林省地方經(jīng)濟做出了巨大貢獻。

60多年來培養(yǎng)各級各類藥學人才10000余人。絕大多數(shù)都已成為藥學事業(yè)的骨干。他們中有國內(nèi)外知名的藥學專家，有國家各級政府、醫(yī)藥企事業(yè)單位的領導。近五年學生就業(yè)率均在93%以上，且供不應求。與韓國大邱韓醫(yī)大學、日本靜岡大學、韓國世明大學等建立了合作交流關系。