北京工商大學是北京市高水平研究型大學，1999年6月經(jīng)教育部批準由北京輕工業(yè)學院與北京商學院合并，機械工業(yè)管理干部學院并入組建而成。北京商學院先后隸屬商業(yè)部、國內(nèi)貿(mào)易部，前身是中華全國供銷合作總社干部學校和中央商業(yè)干部學校。中華全國供銷合作總社干部學校建于1950年初,中央商業(yè)干部學校建于1953年，1958年中華全國供銷合作總社干部學校合并到中央商業(yè)干部學校。1959年商業(yè)部經(jīng)國務院批準成立中央商學院，1960年更名為北京商學院，中央商業(yè)干部學校與北京商學院合并。1969年北京商學院因“文化大革命”停辦，1978年經(jīng)國務院批準恢復招生。北京商學院是我國建國后建立較早的專門培養(yǎng)經(jīng)濟管理人才的高等院校之一，是國務院批準的全國首批碩士學位授予單位。北京輕工業(yè)學院創(chuàng)建于1958年，是我國成立最早的輕工業(yè)高等院校之一。1970年遷入陜西省咸陽市，1978年經(jīng)國務院批準在北京原址重建，先后隸屬于輕工業(yè)部和中國輕工總會，主要面向輕工行業(yè)培養(yǎng)高級專門人才。機械工業(yè)管理干部學院建于1982年，隸屬于機械工業(yè)部，主要是面向機械工業(yè)行業(yè)培養(yǎng)管理干部。

合并組建后的北京工商大學步入了新的發(fā)展時期，綜合實力顯著增強，現(xiàn)已發(fā)展成為理、工、農(nóng)、經(jīng)、管、法、文、藝等學科相互支撐、協(xié)調(diào)發(fā)展的多科性大學。學校堅持“創(chuàng)新、開放、特色、質(zhì)量”發(fā)展共識，以“工商一體化”理念為引領，堅定不移走內(nèi)涵、特色、差異化發(fā)展之路，加快推進“雙一流”學科建設，全力打造特色鮮明的高水平研究型大學，奮力答好“教育強國，北工商何為”的時代命題。

2003年8月，經(jīng)國務院學位委員會第20次會議審核批準，學校成為聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生單位，2004年起與中央財經(jīng)大學聯(lián)合招收和培養(yǎng)會計學專業(yè)博士研究生。2007年6月，學校接受教育部全國普通高校本科教學工作水平評估。2008年3月，教育部召開全國普通高等學校本科教學工作評估專家委員會全體委員會議，經(jīng)全體委員投票確定：北京工商大學本科教學工作的評估結果為“優(yōu)秀”。2012年12月，學校食品（含保健食品）添加劑與安全成為“服務國家特殊需求博士人才培養(yǎng)項目”，授予學位學科名稱為“食品科學與工程”。2014年9月，學?！笆称房茖W與工程”學科獲批新設博士后科研流動站。2018年5月，學校成為博士學位授予單位，“應用經(jīng)濟學”“食品科學與工程”獲批一級學科博士學位授權點。2019年9月，學?！皯媒?jīng)濟學”學科獲批新設博士后科研流動站。2021年10月，學?！跋到y(tǒng)科學”“輕工技術與工程”“工商管理學”3個學科獲批一級學科博士學位授權點。2023年11月，“系統(tǒng)科學”“輕工技術與工程”“工商管理學”3個學科獲批新設博士后科研流動站。2024年9月，學校“統(tǒng)計學”“化學工程與技術”2個學科獲批一級學科博士學位授權點，“生物與醫(yī)藥”獲批博士專業(yè)學位授權點。