中國科學(xué)院南京土壤研究所（簡稱南京土壤研究所）成立于1953年，其前身為1930年創(chuàng)立的中央地質(zhì)調(diào)查所土壤研究室。自成立以來，南京土壤研究所一直肩負(fù)著為中國農(nóng)業(yè)發(fā)展和生態(tài)環(huán)境建設(shè)服務(wù)的重任，凝聚和培養(yǎng)了一大批優(yōu)秀人才，開展了一系列卓有成效的研究工作，逐步發(fā)展成為在土壤科學(xué)領(lǐng)域研究實力雄厚、分支學(xué)科齊全并在國際上享有較高聲譽的國家級研究中心和高級人才培養(yǎng)基地，為我國乃至世界土壤科學(xué)的發(fā)展做出了重要貢獻。

近年來，南京土壤研究所緊緊圍繞“四個率先”和“兩加快一努力”目標(biāo)要求，聚焦實施鄉(xiāng)村振興和建設(shè)美麗中國等重大戰(zhàn)略部署，以土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環(huán)境與修復(fù)、植物營養(yǎng)與肥料、土壤生物與生態(tài)等為核心研究領(lǐng)域，全面實施“一三五”規(guī)劃，促進產(chǎn)出重大原創(chuàng)成果，率先開展“四類機構(gòu)”改革，以優(yōu)秀的成績圓滿完成了特色所試點建設(shè)的總體目標(biāo)，為實現(xiàn)創(chuàng)新跨越發(fā)展、建設(shè)國際化一流科研機構(gòu)奠定了堅實基礎(chǔ)。

南京土壤研究所現(xiàn)有土壤與農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展國家重點實驗室、土壤養(yǎng)分管理與污染修復(fù)國家工程研究中心、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部耕地保育綜合性重點實驗室等重要研究平臺；設(shè)有土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環(huán)境與修復(fù)、植物營養(yǎng)與肥料、土壤生物與生態(tài)等5個研究部以及土壤資源與遙感應(yīng)用、土壤－植物營養(yǎng)與肥料、土壤化學(xué)與環(huán)境保護、土壤物理與鹽漬土、土壤生物與生化、土壤與環(huán)境生物修復(fù)、土壤利用與環(huán)境變化等研究單元；還擁有土壤科學(xué)數(shù)據(jù)中心（中國生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡(luò)土壤分中心）、河南封丘農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測研究站、江西鷹潭農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測研究站、江蘇常熟農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測研究站、中國科學(xué)院三峽工程生態(tài)環(huán)境湖北秭歸實驗站。此外，擁有聯(lián)合國糧農(nóng)組織的特約圖書館和亞洲最大的土壤標(biāo)本館；土壤與環(huán)境分析測試中心是國家質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局認(rèn)定的國家計量認(rèn)證合格單位。

開展知識創(chuàng)新工程以來，南京土壤研究所推動并參與實施了國家在土壤學(xué)及其相關(guān)領(lǐng)域的所有重大科技計劃。截至目前，先后主持了國家“973”項目6項，國家重點研發(fā)計劃項目8項，“863”重大項目1項，“863”重點項目12項，科技基礎(chǔ)性工作專項2項，重大科技專項課題4項，科技支撐計劃項目2項，公益性行業(yè)科技重大專項4項，國家自然科學(xué)基金重大項目2項、重大研究計劃課題6項，基金重點項目19項，基金國際合作重大項目11項等一大批國家重大科技任務(wù)，充分體現(xiàn)了我所在土壤學(xué)及其相關(guān)研究領(lǐng)域的主導(dǎo)地位和整體競爭實力。近5年來，累計獲得18項各級科技進步獎，發(fā)表SCI論文1500多篇，國內(nèi)核心期刊論文1200余篇，出版學(xué)術(shù)專著40余部，授權(quán)發(fā)明專利90多項。

截至目前，南京土壤研究所共有在冊職工307人。包括中國工程院院士1人，研究員及正高級工程技術(shù)人員70人、副研究員及高級工程技術(shù)人員93人。國家杰出青年科學(xué)基金獲得者10人。

南京土壤研究所是1981年國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)的首批具有碩士和博士學(xué)位授予權(quán)的單位之一，現(xiàn)設(shè)有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、環(huán)境科學(xué)與工程、生態(tài)學(xué)等3個一級學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點，土壤學(xué)、植物營養(yǎng)學(xué)、環(huán)境科學(xué)等11個專業(yè)二級學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點，并設(shè)有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、環(huán)境科學(xué)與工程、生態(tài)學(xué)3個一級學(xué)科博士后流動站。

南京土壤研究所先后與30多個國家和地區(qū)建立了合作研究關(guān)系，與英國洛桑試驗站、蘇格蘭作物科學(xué)研究所、日本農(nóng)業(yè)環(huán)境研究所、澳大利亞Melbourn大學(xué)、Griffith 大學(xué)等一批國際著名研究機構(gòu)和大學(xué)簽訂了長期全面合作協(xié)議。2018年通過競爭成功獲得第23屆世界土壤學(xué)大會舉辦權(quán)。作為全球數(shù)字土壤制圖計劃亞洲中心、國際氮素行動計劃東亞中心、全球土壤伙伴計劃亞洲中心、全球土壤修復(fù)網(wǎng)絡(luò)亞洲中心，代表中國在國際土壤學(xué)組織以及重大科研行動計劃中持續(xù)發(fā)揮了主導(dǎo)作用。

南京土壤研究所是中國土壤學(xué)會、江蘇省土壤學(xué)會和全國土壤質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會的掛靠單位；主辦Pedosphere、《土壤學(xué)報》、《土壤》等３份學(xué)術(shù)期刊，其中Pedosphere是我國唯一的土壤科學(xué)英文學(xué)術(shù)期刊且被收錄為SCI源刊。