中國科學(xué)院微生物研究所（簡稱“微生物所”）成立于1958年12月3日，由中國科學(xué)院應(yīng)用真菌研究所和中國科學(xué)院北京微生物研究室合并而成。目前已發(fā)展成為一個具有雄厚研究基礎(chǔ)和廣泛影響力的微生物學(xué)研究和微生物技術(shù)研發(fā)機(jī)構(gòu)。

微生物所堅(jiān)持“微生物、高科技、大產(chǎn)業(yè)”的戰(zhàn)略定位，致力于成為微生物領(lǐng)域重要的國家戰(zhàn)略科技力量，面向世界科技前沿、人民生命健康和經(jīng)濟(jì)社會可持續(xù)發(fā)展，針對具有戰(zhàn)略意義的微生物類群，圍繞微生物多樣性及資源深度挖掘和病原微生物感染免疫與關(guān)鍵防控技術(shù)，開展前瞻性、戰(zhàn)略性的基礎(chǔ)研究和關(guān)鍵技術(shù)研究，努力促進(jìn)基礎(chǔ)理論和關(guān)鍵核心技術(shù)突破，帶動新興產(chǎn)業(yè)發(fā)展，為實(shí)現(xiàn)高水平科技自立自強(qiáng)做出重要貢獻(xiàn)。

微生物所設(shè)有微生物資源前期開發(fā)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、真菌學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、植物基因組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（與中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所共建）、中國科學(xué)院微生物生理與代謝工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國科學(xué)院病原微生物與免疫學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室五個重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2020年2月，依托微生物所成立了中國科學(xué)院農(nóng)業(yè)微生物先進(jìn)技術(shù)工程實(shí)驗(yàn)室。同時設(shè)有微生物資源與大數(shù)據(jù)中心、技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化中心、生物安全與動物實(shí)驗(yàn)公共平臺、所級公共技術(shù)中心等技術(shù)支撐平臺和一個專業(yè)性圖書館。依托微生物所還建設(shè)有中國科學(xué)院——發(fā)展中國家科學(xué)院生物技術(shù)卓越中心、中國科學(xué)院——發(fā)展中國家科學(xué)院新發(fā)突發(fā)傳染病研究與交流卓越中心和中國科學(xué)院流感研究與預(yù)警中心?？萍疾亢拓斦渴着鷨拥膰椅⑸锟茖W(xué)數(shù)據(jù)中心(NMDC)、具有國際影響力的世界微生物數(shù)據(jù)中心（WDCM），均設(shè)在微生物所。微生物所同時擁有保藏量8萬余株的中國普通微生物菌種保藏管理中心（CGMCC）和館藏55萬余號標(biāo)本的菌物標(biāo)本館。

“十三五”期間，微生物所在新發(fā)突發(fā)傳染病跨種傳播、微生物-宿主相互作用、微生物技術(shù)創(chuàng)新與資源利用等領(lǐng)域取得一系列成果和進(jìn)展，在Cell、Nature、Science等期刊發(fā)表高水平研究論文2135篇；申請國內(nèi)和國際專利525余項(xiàng)、授權(quán)321余項(xiàng)；埃博拉和新冠等研究成果入選“2016年生命科學(xué)領(lǐng)域十大進(jìn)展”和“2020年中國科學(xué)十大進(jìn)展”。微生物所研發(fā)的重組新冠病毒蛋白疫苗具有自主知識產(chǎn)權(quán)并在國內(nèi)首個獲批緊急使用，研發(fā)的新冠肺炎治療性抗體成為首個在我國開展臨床試驗(yàn)的特異性藥物；此兩項(xiàng)成果入選中國科學(xué)院“率先行動”計劃第一階段重大科技成果及標(biāo)志性進(jìn)展。阿維菌素微生物高效合成獲國家科技進(jìn)步獎二等獎，病原室團(tuán)隊(duì)獲“求是”杰出科技成就集體獎和全國創(chuàng)新爭先獎。

微生物所目前共有在編職工近500人，其中中國科學(xué)院院士5人，“國家杰出青年基金項(xiàng)目”獲得者13人，“國家優(yōu)秀青年基金項(xiàng)目”獲得者16人。設(shè)有生物學(xué)和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)2個博士后流動站，在站博士后115人，在讀博士和碩士研究生500余人。微生物所現(xiàn)設(shè)有生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和藥學(xué)三個一級學(xué)科，包括微生物學(xué)、遺傳學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生物信息學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)、微生物與生化藥學(xué)等七個二級學(xué)科專業(yè)博士、碩士學(xué)位研究生培養(yǎng)點(diǎn)；設(shè)有生物與醫(yī)藥專業(yè)碩士學(xué)位研究生培養(yǎng)點(diǎn)。

目前掛靠微生物所的學(xué)術(shù)組織有中國微生物學(xué)會、中國菌物學(xué)會、中國生物工程學(xué)會3個國家級學(xué)會。微生物所與相關(guān)學(xué)會共同主持編輯出版的學(xué)術(shù)刊物有《微生物學(xué)報》《微生物學(xué)通報》《菌物學(xué)報》《生物工程學(xué)報》及英文刊物mLife、Mycology等。