南京農業(yè)大學理學院最早可追溯到1956年設立的直屬基礎課教研組，1962年學校在原農業(yè)物理系基礎上成立基礎課系，將外語教研組、體育教研組劃歸基礎課系，1984年基礎課系改為基礎課部，并將土化系有機化學和無機化學兩個教研組劃歸基礎課部，同時建立中心實驗室，1994年改名為基礎科學學院，1996年正式成立理學院，是國內農林院校最早設立的理學院之一。

學院現(xiàn)設有數(shù)學系、物理系、化學系3個系，物理、化學2個實驗教學中心，且均為江蘇省基礎課實驗教學示范中心。學院現(xiàn)有信息與計算科學、應用化學、統(tǒng)計學3個本科專業(yè)；天然產物化學和生物物理學2個博士授權點；數(shù)學、化學2個碩士一級授權點；生物物理、應用統(tǒng)計，材料與化工3個二級碩士授權點。應用化學本科專業(yè)為國家一流本科專業(yè)建設點。

學院設7個基礎研究與技術平臺，分別為農藥學實驗室、農藥創(chuàng)制中心、應化研究所和同位素實驗室、理化分析中心、數(shù)學建模實驗室、數(shù)據(jù)分析中心、農產品安全與質量檢測中心。2011年，農藥學實驗室（與植保學院共建）獲批江蘇省高校重點實驗室。2016年化學學科獲批江蘇省重點（培育）學科，2019年進入ESI全球前1%?；A學科（數(shù)理化）先后入選學校第一輪、第二輪“雙一流”建設學科行列。學院現(xiàn)已成為公共基礎教育與專業(yè)教育相結合、本科生培養(yǎng)與研究生培養(yǎng)并重、教學與科研協(xié)調發(fā)展的教學研究型學院。

學院現(xiàn)有教職工127人，專職教師109人，專任教師中全職教授18人，副教授55人，具有博士學位的教師83人，學歷層次、職稱結構及年齡結構較為合理，另聘有國內外知名高校兼職教授6人。目前在校生800余人，其中本科生667人，碩士、博士研究生164人。現(xiàn)有各類實驗室3000多平方米，萬元以上儀器設備百余套。另設有專業(yè)資料室、計算機房等。

學院先后有10人獲教育部和農業(yè)部優(yōu)秀教師榮譽稱號，1人獲農業(yè)部突出貢獻的中青年專家稱號，11人獲國家政府特殊津貼。江蘇省 “333工程”培養(yǎng)對象4人、“青藍工程”培養(yǎng)對象6人、江蘇省特聘教授1人、南京農業(yè)大學“鐘山學者”學術骨干3人、學術新秀7人。先后獲國家發(fā)明獎1項，部、省級學術獎勵26項。“十四五”以來，主持國家自然科學基金項目38項，縱向經費到賬近1300萬元。新增發(fā)表SCI、EI論文數(shù)281篇，影響因子＞10.0論文54篇，影響因子＞5.0論文146篇，教師獲授權國家發(fā)明專利30項。先后主持省部級等各級教改研究項目80余項，獲江蘇省優(yōu)秀教學成果一等獎2項、江蘇省優(yōu)秀教學成果二等獎2項、江蘇省優(yōu)秀課程群2項、江蘇省二類優(yōu)秀課程2項。正式出版教材和專著近30本，7本公共基礎課教材入選農業(yè)部“十四五”規(guī)劃教材，3本教材獲批江蘇高等學校重點教材立項建設，2本教材獲中華農業(yè)基金會優(yōu)秀教材獎。在指導全國大學生數(shù)學建模競賽和江蘇省高等數(shù)學競賽中，多次榮獲全國一等獎和江蘇賽區(qū)一等獎。

“師者，所以傳道授業(yè)解惑也”，學院以教學立身、以育人為己任，全力打造一支教學與科研并重、綜合專業(yè)素質高的師資隊伍。“十四五”以來，學院40余人次獲評“教書育人楷模”、“師德標兵”、“優(yōu)秀教師”、“青年教師授課比賽獎項”和“教學質量優(yōu)秀獎”等。本科生就業(yè)率保持在95%左右，研究生就業(yè)率達100％。本科畢業(yè)生以升學為主，其中國內升學約40%、出國深造約10%，升學深造單位主要為清華大學、南京大學等世界一流大學。直接就業(yè)學生主要集中在長三角地區(qū)，約占75%，畢業(yè)生就業(yè)單位主要為中等教育、高等教育、機關事業(yè)單位、國有企業(yè)等。

面向未來，學院以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，堅持以立德樹人為根本，以學科建設為龍頭，以師資隊伍為關鍵，以基礎研究為突破，雙輪驅動教學科研工作，力爭早日建設成為我國涉農高校一流理學院。