為滿足中國民航事業(yè)快速發(fā)展對民航高素質(zhì)管理人才和科技人才的需求，1993年，原中國民航總局和中國航空工業(yè)總公司共同創(chuàng)建成立民航學(xué)院。時任中共中央政治局常委、國務(wù)院副總理李嵐清同志為學(xué)院題詞，勉勵學(xué)院“為發(fā)展民航事業(yè)培養(yǎng)優(yōu)秀人才而努力奮斗”。2002年經(jīng)教育部批準(zhǔn)，學(xué)校在民航學(xué)院及其飛行技術(shù)專業(yè)的基礎(chǔ)上合作組建了飛行學(xué)院。2008年學(xué)校建設(shè)民航學(xué)院“特區(qū)”。2012年，工業(yè)和信息化部、中國民用航空局共建我校民航特色學(xué)科專業(yè)。2019年，土木工程系整建制劃歸民航/飛行學(xué)院。2020年學(xué)校將民航/飛行學(xué)院調(diào)整為民航學(xué)院和通用航空與飛行學(xué)院。2021年，工業(yè)和信息化部、中國民用航空局再次簽署共建協(xié)議。

學(xué)院下設(shè)空中交通系、交通運(yùn)輸系、民航工程系、土木與機(jī)場工程系。

學(xué)院堅持人才強(qiáng)院，實行引培并舉，著力打造一支素質(zhì)過硬、結(jié)構(gòu)優(yōu)良的師資隊伍。現(xiàn)有專任教師129人，其中教授29人，副教授61人，博士生導(dǎo)師27人。國家級人才5人次，國務(wù)院學(xué)位委員會學(xué)科評議組成員2人，國家空管專家2人，交通運(yùn)輸部專家組成員2人，民航局特聘專家2人，民航局科技創(chuàng)新拔尖人才4人，教育部跨世紀(jì)人才1人，江蘇省先進(jìn)科技工作者1人，江蘇省杰出青年科學(xué)基金獲得者1人，江蘇省優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者2人，江蘇省“六大高峰”人才和團(tuán)隊11人次（個），江蘇省“333工程”培養(yǎng)對象9人次，江蘇省“青藍(lán)工程”優(yōu)秀青年骨干教師10人，江蘇省“青藍(lán)工程”學(xué)術(shù)帶頭人4人，江蘇省“青藍(lán)工程”優(yōu)秀學(xué)科團(tuán)隊1個，民航局科技重點領(lǐng)域創(chuàng)新團(tuán)隊2個，國家高端外國專家項目2人，江蘇省外國專家局外專百人計劃2人。

學(xué)院現(xiàn)有交通運(yùn)輸工程一級學(xué)科博士點和土木工程（土木水利）一級學(xué)科碩士點。其中交通運(yùn)輸工程下設(shè)交通信息工程及控制、交通運(yùn)輸規(guī)劃與管理、載運(yùn)工具運(yùn)用工程、道路與鐵道工程、適航技術(shù)與管理5個二級學(xué)科博士學(xué)位點，土木工程（土木水利）下設(shè)巖土工程、結(jié)構(gòu)工程、防災(zāi)減災(zāi)工程及防護(hù)工程、橋梁與隧道工程4個二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點。交通運(yùn)輸工程屬于江蘇省重點一級學(xué)科，載運(yùn)工具運(yùn)用工程被評為國防重點學(xué)科，航空適航技術(shù)被評為國防特色學(xué)科，適航技術(shù)與管理被評為國防緊缺學(xué)科。

學(xué)院設(shè)有交通運(yùn)輸專業(yè)（下設(shè)空中交通管理與簽派、民航運(yùn)輸管理、民航電子電氣工程、機(jī)場運(yùn)行與管理4個專業(yè)方向）、土木工程專業(yè)和飛行器適航技術(shù)專業(yè)。交通運(yùn)輸專業(yè)是國家首批一流專業(yè)建設(shè)點、國家級特色專業(yè)、教育部“卓越工程師培養(yǎng)計劃”專業(yè)、江蘇省特色專業(yè)和江蘇省品牌專業(yè)；土木工程專業(yè)是國家首批一流專業(yè)建設(shè)點，是江蘇省唯一、全國四所之一具有機(jī)場工程特色的土木工程專業(yè)；飛行器適航技術(shù)是教育部“卓越工程師計劃”專業(yè)、江蘇省品牌專業(yè)。

學(xué)院現(xiàn)有教學(xué)科研平臺25個，其中教育部“111”引智基地1個，國家級虛擬仿真教學(xué)實驗平臺1個，國家空管飛行流量管理技術(shù)重點實驗室、民航飛機(jī)健康監(jiān)測與智能維護(hù)重點實驗室、民航應(yīng)急科學(xué)與技術(shù)重點實驗室、民航飛機(jī)機(jī)載系統(tǒng)適航工程技術(shù)研究中心、民航機(jī)務(wù)維修工程科研基地、江蘇省空域研究基地、民航協(xié)同空管技術(shù)與應(yīng)用重點實驗室、民航科技創(chuàng)新人才培養(yǎng)基地、空中交通管理協(xié)同育人基地、民航空管運(yùn)行工程技術(shù)研究中心等其他省部級平臺19個（含聯(lián)合共建5個）。近十年，學(xué)院承擔(dān)國家自然科學(xué)基金項目104項，獲得國家和省部級科技進(jìn)步獎40項，獲日內(nèi)瓦國際發(fā)明獎銀獎1項，共發(fā)表學(xué)術(shù)論文3000余篇，申請發(fā)明專利600余項，獲授權(quán)發(fā)明專利300余項。目前共有在讀全日制本科生1500余人，在讀研究生700余人。

經(jīng)過30年的發(fā)展，學(xué)院已成為中國民航事業(yè)重要的人才培養(yǎng)及科學(xué)研究基地，建成了學(xué)士、碩士、博士完備的民航人才培養(yǎng)體系和交通運(yùn)輸工程學(xué)科體系，在一流學(xué)科建設(shè)、科技創(chuàng)新、社會服務(wù)等方面走出了一條產(chǎn)教融合協(xié)同創(chuàng)新發(fā)展的特色之路。