華東理工大學生物工程學院的辦學歷史起源于1955年國內(nèi)最早成立的我?？股刂圃旃W專業(yè)。1972年上?？茖W技術(shù)大學生物系調(diào)入我校，1980年抗菌素專業(yè)更名為生物化學工程專業(yè)，1982年生物化學工程系成立。1986年食品工程專業(yè)招生。1996年生物工程學院成立。

學院（系）于1991年獲批全國第一個生物化工博士點，1995年建成生物反應器工程國家重點實驗室，1996年成立國家生化工程技術(shù)研究中心（上海）。2002年生物化工被批準為國家重點學科，2008年生物工程被批準為國家特色專業(yè)，2015年國內(nèi)第一個生物工程博士學位授權(quán)一級學科獲得批準。

學院（系）堅持生物學與工程學相結(jié)合的辦學理念，突顯生物過程工程學科特色，強化專業(yè)教學與科研、產(chǎn)業(yè)間互動，累計為國家培養(yǎng)出楊勝利院士、李永舫院士、劉昌勝院士為代表的1萬余名具有扎實工程學基礎(chǔ)和生物學基礎(chǔ)、注重實踐和創(chuàng)新能力的高素質(zhì)優(yōu)秀人才。

學院現(xiàn)設生物工程（含生物醫(yī)藥新工科、中德聯(lián)合生物工程）、生物科學（含應用化學-生物科學雙學位）、生物技術(shù)、食品科學與工程、食品質(zhì)量與安全5個本科專業(yè)。研究生培養(yǎng)設置了生物工程（一級學科）、生物學（一級學科）和生物化工（二級學科）3個學術(shù)型博士點(可招收碩士、碩博和博士生)，食品科學一級學科學術(shù)型碩士點(可招收碩士生)，生物與醫(yī)藥專業(yè)學位博士點（可招收生物工程和食品工程方向?qū)I(yè)型碩士和博士生）。學院現(xiàn)設生物工程、化學工程與技術(shù)（分站）和輕工技術(shù)與工程3個博士后流動站。學院擁有國內(nèi)外頂尖的學科帶頭人和一大批中青年學術(shù)帶頭人及學術(shù)骨干，師資力量雄厚，梯隊結(jié)構(gòu)合理?，F(xiàn)有教職員工182人，專任教師125人，其中正高級職稱42人、副高級職稱60人，博導49人，碩導103人。

學院擁有生物反應器工程全國重點實驗室、國家生化工程技術(shù)研究中心（上海）及上海生物制造產(chǎn)業(yè)省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心三個國家級科研基地、多個省部級科研基地以及若干研究所（中心），先后承擔了一大批國家級、省部級科研項目和重大企業(yè)橫向課題，取得了7項國家級和數(shù)十項省部級科技獎勵。學院正以建設國內(nèi)領(lǐng)先、國際一流的生物工程學科為契機，面向世界科技前沿、面向國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場、面向國家重大需求、面向人民生命健康，堅持生物學與工程學相結(jié)合的特色，引領(lǐng)生物醫(yī)藥為特色的生物制造領(lǐng)域工程化技術(shù)的快速發(fā)展。