中國農(nóng)業(yè)科學院棉花研究所（簡稱中棉所）于1957年8月在北京成立，1958年3月遷至河南安陽。

作為唯一的國家級棉花專業(yè)綜合科研機構(gòu)，中棉所以應用研究和應用基礎(chǔ)研究為主，組織和主持全國性的重大棉花科研項目，著重解決棉花生產(chǎn)中的重大科技問題，開展國際棉花科技合作與交流，培養(yǎng)棉花科技人才，宣傳推廣科研成果與先進的植棉技術(shù)，編輯出版有《棉花學報》《中國棉花》和Journal of Cotton Research專業(yè)期刊。

現(xiàn)有在職職工453人，其中科技人員350人，研究員63人，副研究員80人；中國工程院院士1人，國際歐亞科學院院士1人，國家自然科學基金杰出青年基金獲得者1人，國家高層次人才特殊支持計劃入選者6人，全國創(chuàng)新爭先獎狀獲得者2人，中原學者4人，中華農(nóng)業(yè)英才獎獲得者2人，全國農(nóng)業(yè)科研杰出人才5人；博士生導師29人，碩士生導師82人；博士后流動站在站人員24人；在所研究生385人，其中留學生37人。2013年入選中國農(nóng)業(yè)科學院科技創(chuàng)新工程第一批試點研究所，圍繞“四個面向”指示要求，組建了12支創(chuàng)新團隊。

中棉所擁有棉花生物育種與綜合利用全國重點實驗室和棉花生物育種及產(chǎn)業(yè)技術(shù)國家工程研究中心等12個國家級科研平臺，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部植物生態(tài)環(huán)境安全檢驗測試中心（安陽）及農(nóng)業(yè)農(nóng)村部棉花品質(zhì)檢驗測試中心等9個省部級科研平臺。

建所至今，幾代中棉所人秉承“艱苦奮斗、甘于奉獻、勤于實踐、勇于創(chuàng)新”的“中棉所精神”，開拓進取，砥礪奮進，育成棉花品種196個，小麥品種37個，玉米品種4個，中棉所棉花品種種植面積一度占全國棉花種植面積的50%左右。獲省部級以上成果獎勵114項，其中國家級獎23項，包括一等獎4項。中棉所先后完成了二倍體雷蒙德氏棉（D基因組）、二倍體亞洲棉（A基因組）以及棉花四倍體（A/D組）全基因組測序及圖譜繪制工作，在國際棉花基因組測序領(lǐng)域占據(jù)領(lǐng)先地位。

1988年至今被中共河南省委、河南省人民政府命名為文明單位，并先后多次獲得中國農(nóng)業(yè)科學院院級文明單位和文明單位標兵榮譽稱號。