馬克思主義學(xué)院前身是北京中醫(yī)藥大學(xué)社科部，1957年底成立，時名政治理論課教研組，1986年成立社科部，2003年6月與公共外語部組建文法系。2009年3月，學(xué)校獨(dú)立設(shè)置社會科學(xué)部二級教學(xué)科研機(jī)構(gòu)，與人文學(xué)院合署辦公。2015年10月，成立馬克思主義學(xué)院，獨(dú)立設(shè)置二級機(jī)構(gòu)，統(tǒng)一管理思想政治理論課和馬克思主義理論學(xué)科建設(shè)，進(jìn)行馬克思主義理論人才培養(yǎng)。馬克思主義學(xué)院設(shè)有七個教研室分別為：思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)教研室、中國近現(xiàn)代史綱要教研室、習(xí)近平新時代中國特色社會主義思想概論教研室、馬克思主義基本原理教研室、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系教研室、形勢與政策教研室、大學(xué)生成才與職業(yè)發(fā)展教研室。

學(xué)院現(xiàn)有專任教師40人，院外導(dǎo)師6人，其中教授6人，副教授19人，講師21人；博士占76.1%，45歲以下教師占到71.3%。擁有教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計劃”1 人，北京市新世紀(jì)中青年社科理論人才“百人工程”1 人，北京市思想政治理課特級教師 2 人，北京高等學(xué)校青年英才計劃 2 人，北京市揚(yáng)帆資助計劃人才 1人，北京市優(yōu)秀德育工作者 2 人，北京高校優(yōu)秀黨務(wù)工作者1人，校級教學(xué)名師2 人，校級學(xué)術(shù)帶頭人1人。

學(xué)院承擔(dān)全校本科生、研究生思想政治理論課教育教學(xué)和馬克思主義理論學(xué)科建設(shè)及專業(yè)人才培養(yǎng)任務(wù)。面向?qū)W校開設(shè)共計49門課程，其中本科公共必修課和選修課程27門，碩士生公共課3門，博士生公共必修課1門，馬克思主義理論專業(yè)課程18門。其中3門思想政治理論課被評為校級精品課程。2018年獲批馬克思主義理論一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，下設(shè)馬克思主義基本原理、馬克思主義中國化、思想政治教育三個二級學(xué)科。

學(xué)院是第二批北京市重點(diǎn)建設(shè)馬克思主義學(xué)院，擁有首批“北京高校思想政治理論課教育教學(xué)改革示范點(diǎn)”，是北京高校中國特色社會主義理論研究協(xié)同創(chuàng)新中心協(xié)同單位，建有北京中醫(yī)藥大學(xué)馬克思主義中國化研究中心、思想政治教育研究中心、馬克思主義與中華優(yōu)秀傳統(tǒng)文化研究中心、黨的建設(shè)和中醫(yī)藥發(fā)展研究中心等四個研究中心，以平臺帶動特色研究。

2019年以來，隨著隊(duì)伍不斷擴(kuò)大，研究成果增長迅速。教師參與國社科重大項(xiàng)目、特別委托項(xiàng)目，同時立項(xiàng)國社科后期資助、思政專項(xiàng)各1項(xiàng)；教育部規(guī)劃2項(xiàng)、思政專項(xiàng)3項(xiàng)；團(tuán)中央課題1項(xiàng)；北京社科基金2項(xiàng)；國家中醫(yī)藥管理局課題1項(xiàng)；北京市中醫(yī)管理局課題2項(xiàng)；北京市教工委課題5項(xiàng)；北京市協(xié)同創(chuàng)新中心橫向課題1項(xiàng)。學(xué)院出版著作23部，其中主編或者獨(dú)著13部。發(fā)表論文250余篇，CSSCI論文30篇，三報一刊8篇。

在學(xué)校黨委的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，在校各職能部門和有關(guān)學(xué)院的大力支持下，馬克思主義學(xué)院各方面工作取得了很大進(jìn)展，師資結(jié)構(gòu)更為合理，教學(xué)質(zhì)量與辦學(xué)水平逐步提高，學(xué)科建設(shè)與科研工作明顯提升，正日漸成為馬克思主義理論教學(xué)和研究基地、服務(wù)于中醫(yī)藥專門人才和全面參與人類健康事業(yè)的復(fù)合型人才思想政治素質(zhì)及人文素養(yǎng)培養(yǎng)的學(xué)院。