湖南省中醫(yī)藥研究院前身是創(chuàng)辦于1957年3月的湖南中醫(yī)藥研究所，著名中醫(yī)學(xué)家李聰甫任首任所長(zhǎng)，后歷經(jīng)幾次更名、與湖南中醫(yī)學(xué)院的分合以及所址變遷，1984年省委決定將研究所更名為湖南省中醫(yī)藥研究院， 1985年升格為湖南省人民政府直屬的，計(jì)劃、財(cái)政單列的廳局級(jí)科研事業(yè)單位，國(guó)醫(yī)大師劉祖貽任首任院長(zhǎng)。

2002年7月，經(jīng)湖南省人民政府批準(zhǔn)，湖南省中醫(yī)藥研究院與原湖南中醫(yī)學(xué)院（2006年經(jīng)教育部批準(zhǔn)已更名為湖南中醫(yī)藥大學(xué)）合并，實(shí)現(xiàn)優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，并實(shí)行“一套班子、兩塊牌子、兩個(gè)法人、計(jì)劃財(cái)政單列”的管理體制和運(yùn)行模式。

2021年7月，經(jīng)中共湖南省委機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)研究同意確定湖南省中醫(yī)藥研究院為省政府直屬公益一類(lèi)事業(yè)單位。

2021年9月，湖南省政府將楓林賓館人、財(cái)、物整體移交湖南省中醫(yī)藥研究院。

2022年2月，湖南省委、省政府進(jìn)一步明確了湖南省中醫(yī)藥研究院的單位性質(zhì)、機(jī)構(gòu)規(guī)格、隸屬關(guān)系、職能配置、人員編制和干部職數(shù)，同意設(shè)置13個(gè)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)。

2022年4月12日，湖南省中醫(yī)藥研究院黨委書(shū)記、院長(zhǎng)葛金文率隊(duì)赴湖南中醫(yī)藥大學(xué)，舉行工作懇談會(huì)。湖南中醫(yī)藥大學(xué)黨委書(shū)記秦裕輝對(duì)湖南省中醫(yī)藥研究院恢復(fù)獨(dú)立建制及新一屆領(lǐng)導(dǎo)班子到任表示真心祝賀。

2022年12月9日，湖南省藥品監(jiān)督管理局中藥監(jiān)管科學(xué)研究中心授牌儀式在湖南省中醫(yī)藥研究院舉行。