“九五”以來(lái)，以孔子儒學(xué)研究為特色的專門史是山東省強(qiáng)化建設(shè)的重點(diǎn)學(xué)科，孔子文化研究院先后被山東省確定為“儒學(xué)研究基地”（“十五”）、“儒學(xué)研究中心”（“十一五”）、“孔子與傳統(tǒng)文化研究中心”（“十二五”）、“山東省一流學(xué)科”（“十三五”）。一大批專門從事孔子儒家文化、中國(guó)儒學(xué)史、孔子儒家文獻(xiàn)、儒家文物古跡、孔子文化傳播研究及服務(wù)社會(huì)的專家匯聚于此，形成了一只由海內(nèi)外知名學(xué)者組成的實(shí)力雄厚、優(yōu)勢(shì)集成、機(jī)構(gòu)合理的專兼職隊(duì)伍。目前，我院專職研究人員32人，其中教授16人（博士生導(dǎo)師7人），副教授7人（碩士生導(dǎo)師7人），講師9人（碩士生導(dǎo)師7人），校內(nèi)外兼職人員50余人，其中山東省突出貢獻(xiàn)專家1人，山東省高端智庫(kù)人才1人，泰山學(xué)者青年專家2人。

我院設(shè)有以孔子儒學(xué)及儒家文獻(xiàn)為研究方向的博士點(diǎn)、博士后流動(dòng)站，招收中國(guó)史、孔子儒學(xué)及儒家文獻(xiàn)、儒家文化等方向的博士、碩士生。

六十余年來(lái)，我院取得了豐碩的成果，在各類學(xué)術(shù)期刊發(fā)表論文兩千余篇，出版孔子儒學(xué)專著四百余部。2013年傅永聚教授“歷代孔子檔案文獻(xiàn)集成與研究及全文數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)”獲批國(guó)家社科基金重大招標(biāo)項(xiàng)目，充分彰顯了孔子文化研究院矢志為國(guó)弘文、傳承弘揚(yáng)中華優(yōu)秀傳統(tǒng)文化的擔(dān)當(dāng)與作為。李炳海教授“古絲綢之路文獻(xiàn)的名物研究”、劉彬教授“易圖集成與研究暨數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)”獲批國(guó)家社科基金冷門絕學(xué)項(xiàng)目，立項(xiàng)數(shù)位列全省高校首位。儒學(xué)研究成果獲省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)10余項(xiàng)，其中劉彬教授《帛書<易傳>新釋暨孔子易學(xué)思想研究》獲山東省第三十二次哲學(xué)社會(huì)科學(xué)優(yōu)秀成果一等獎(jiǎng)，楊樹(shù)增等《儒學(xué)與中國(guó)古代散文》獲山東省高校優(yōu)秀科研成果一等獎(jiǎng)，傅永聚等《四書五經(jīng)普及讀本》獲山東省第五屆社會(huì)科學(xué)普及與應(yīng)用優(yōu)秀作品獎(jiǎng)。至今，我院承擔(dān)國(guó)家重大招標(biāo)、國(guó)家社科基金等各類科研課題二百余項(xiàng),在國(guó)內(nèi)外產(chǎn)生了廣泛深遠(yuǎn)的影響。

我院藏書共計(jì)25萬(wàn)余冊(cè)，其中線裝古籍2萬(wàn)余冊(cè)，藏有《四庫(kù)全書》《四部叢刊》《叢書集成初編》《四部備要》等大型叢書，訂有報(bào)刊雜志180余種，珍貴歷史文物200余件，中外文數(shù)據(jù)庫(kù)20多個(gè)，另有大量的多媒體文獻(xiàn)。

我院多次舉辦國(guó)內(nèi)外儒學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議，廣泛進(jìn)行交流，與數(shù)十個(gè)國(guó)家和地區(qū)的專家學(xué)者建立了學(xué)術(shù)聯(lián)系。

1956年12月，在曲阜師范大學(xué)首任校長(zhǎng)、新儒家傳人高贊非領(lǐng)導(dǎo)下成立了孔子研究會(huì)，1979年1月24日更名為孔子研究室；經(jīng)山東省人民政府批準(zhǔn)，1983年2月8日更名為孔子研究所，后更名為孔子文化研究院。