植物保護(hù)學(xué)院前身包括山東大學(xué)農(nóng)學(xué)院植物病蟲害學(xué)系、山東省立農(nóng)學(xué)院植物病理學(xué)和昆蟲學(xué)教研室以及齊魯大學(xué)農(nóng)業(yè)專科學(xué)校的一部分。1952年全國院系調(diào)整時，將其合并為山東農(nóng)學(xué)院植物病蟲害學(xué)系，1954年更名為植物保護(hù)系，2000年12月撤系建院，成立植物保護(hù)學(xué)院。在幾代教職工的共同努力下，學(xué)科建設(shè)迅速發(fā)展，在科教興魯、科教興國、脫貧攻堅、鄉(xiāng)村振興事業(yè)中取得了豐碩成果。

學(xué)院設(shè)有植物病理學(xué)系、昆蟲學(xué)系、農(nóng)藥學(xué)系、煙草學(xué)系、森林保護(hù)學(xué)系和菌物學(xué)系等6個系；現(xiàn)有植物保護(hù)（含植物檢疫方向、公費農(nóng)科生、齊魯學(xué)堂）、制藥工程、煙草、森林保護(hù)、應(yīng)用生物科學(xué)等5個本科專業(yè)，在校本科生1470人。設(shè)有植物保護(hù)學(xué)博士后科研流動站，擁有植物保護(hù)學(xué)一級學(xué)科博士授權(quán)點（含植物病理學(xué)、昆蟲學(xué)、農(nóng)藥學(xué)等3個研究方向），設(shè)有植物保護(hù)一級學(xué)科碩士授權(quán)點（含植物病理學(xué)、昆蟲學(xué)、農(nóng)藥學(xué)、林草有害生物防控、煙草學(xué)等5個研究方向），設(shè)有資源利用與植物保護(hù)專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點，在校研究生432人。植物保護(hù)專業(yè)為國家品牌專業(yè)、國家一流本科專業(yè)建設(shè)點、山東省特色專業(yè)、卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)試點高校拔尖型人才培養(yǎng)專業(yè)。制藥工程（農(nóng)藥方向）、煙草學(xué)為山東省一流本科專業(yè)建設(shè)點。獲得山東省高水平應(yīng)用型專業(yè)建設(shè)項目、教育服務(wù)新舊動能轉(zhuǎn)換專業(yè)對接產(chǎn)業(yè)項目等立項，建設(shè)經(jīng)費達(dá)5000萬元。植物保護(hù)學(xué)科為山東省一流學(xué)科、山東省高水平學(xué)科（優(yōu)勢特色型），建設(shè)經(jīng)費超1億元。學(xué)院教師以第一完成人獲山東省第九屆教學(xué)成果特等獎1項。

學(xué)院現(xiàn)有教工101人，中國工程院院士李玉教授任名譽院長，專任教師76人（98.7%擁有博士學(xué)位，35%有國外留學(xué)經(jīng)歷），其中教授26人，副教授34人，包括中國科學(xué)院院士1人，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者1人，國家百千萬人才工程1人，國家大宗蔬菜產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位科學(xué)家1人，教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才2人，神農(nóng)青年英才1人、中國科協(xié)青年人才托舉工程1人，泰山學(xué)者特聘教授3人，泰山學(xué)者青年專家1人，泰山產(chǎn)業(yè)領(lǐng)軍人才2人，省級教學(xué)名師1人，山東省專業(yè)技術(shù)拔尖人才3人，山東省有突出貢獻(xiàn)中青年專家2人，山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系創(chuàng)新團(tuán)隊首席專家2人、副首席專家2人、崗位專家8人、試驗站站長1人。學(xué)院現(xiàn)有農(nóng)業(yè)農(nóng)村部黃河下游作物有害生物綜合治理重點實驗室（部省共建）、國家植保微生物種質(zhì)資源庫（山東）、農(nóng)藥環(huán)境毒理研究中心（農(nóng)業(yè)農(nóng)村部認(rèn)證單位）、山東省農(nóng)業(yè)微生物重點實驗室、山東省蔬菜病蟲生物學(xué)重點實驗室、山東省高等學(xué)校植物有害生物綜合治理實驗室、山東省高校農(nóng)藥毒理與應(yīng)用技術(shù)省級重點實驗室、山東省高等學(xué)校黃河流域農(nóng)林作物病蟲害綜合治理協(xié)同創(chuàng)新中心、山東省煙草病蟲害研究中心、山東省林業(yè)有害生物防控工程技術(shù)研究中心等省部級科研平臺10個。本科實驗教學(xué)中心擁有實驗室15個，有昆蟲、植病、雜草等標(biāo)本室、農(nóng)藥加工實驗室、植保站園、昆蟲繁育試驗場、菌物實訓(xùn)基地各1個，開展實驗項目205個。實驗中心總面積1766平方米，儀器設(shè)備2500余臺套，總值2550多萬元，利用這些條件，圓滿完成了各項教學(xué)科研任務(wù)。

科研工作取得了長足發(fā)展，主持國家自然科學(xué)基金、國家科技支撐計劃、國家糧豐工程、國家“雙減”項目、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部行業(yè)公益項目、國家重點研發(fā)計劃等國家和省部級科研項目100余項，年均科研經(jīng)費3000萬元，年均發(fā)表論文約150篇，其中SCI收錄近80篇，授權(quán)專利30余項。近年來學(xué)院教師以第一完成人獲國家科技進(jìn)步二等獎1項、山東省科技進(jìn)步一等獎1項、山東省科技進(jìn)步二等獎3項，參與獲得國家科技進(jìn)步二等獎2項，省部級科技進(jìn)步一等獎7項。學(xué)院不斷加強同國內(nèi)外院校的合作與交流，同瑞典、法國、美國、以色列、英國、日本等國家知名高校和院所建立了長期互訪和合作關(guān)系。承辦中國植物病理學(xué)會年會、中國菌物學(xué)會年會、中國森林保護(hù)學(xué)術(shù)大會等大型學(xué)術(shù)會議十余次。

學(xué)院始終將教學(xué)工作擺在突出位置，秉承“學(xué)生中心、產(chǎn)出導(dǎo)向、耕讀合一”的教育教學(xué)理念，全面落實立德樹人根本任務(wù)，堅持以學(xué)生發(fā)展為中心，強化理論和實踐教學(xué)兩翼同頻共振育人，突出學(xué)生創(chuàng)新能力的培養(yǎng)，促進(jìn)學(xué)生綜合素質(zhì)的不斷提高。加強師資隊伍建設(shè)和課程體系改革，加強教材和教學(xué)條件的配套建設(shè)，提高教學(xué)質(zhì)量,在全校教學(xué)工作評估中多次獲得優(yōu)秀，辦學(xué)水平和人才培養(yǎng)質(zhì)量不斷提高，形成了良好的院風(fēng)學(xué)風(fēng)。加強校地聯(lián)系，多家企業(yè)在學(xué)院設(shè)立了企業(yè)獎學(xué)金和助學(xué)金。學(xué)生就業(yè)率一直名列學(xué)校前茅，連續(xù)多年獲學(xué)校招生就業(yè)先進(jìn)集體。迄今已有8000余名畢業(yè)生分別工作在教學(xué)、科研、技術(shù)推廣、企業(yè)經(jīng)營和黨政管理崗位上，有的已成為中國科學(xué)院、中國工程院院士、優(yōu)秀企業(yè)家或擔(dān)任省、廳級領(lǐng)導(dǎo)職務(wù)。四位畢業(yè)生被評為山東農(nóng)業(yè)大學(xué)杰出校友。