南京中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究院是以開展中醫(yī)藥文獻(xiàn)整理研究、培養(yǎng)中醫(yī)藥文獻(xiàn)高級專門人才為主要目標(biāo)的科研單位。研究院是在學(xué)校成立之初的《中醫(yī)學(xué)概論》編寫組和1958年成立的《中藥大辭典》編寫組基礎(chǔ)上發(fā)展而來，曾改名為文獻(xiàn)研究室，因?qū)W科發(fā)展需要，1986年學(xué)校正式成立處級機(jī)構(gòu)中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究所，2023年變更為中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究院（與江蘇省中醫(yī)流派研究院合署）至今。目前研究院下設(shè)本草文獻(xiàn)研究室、方劑文獻(xiàn)研究室、臨床文獻(xiàn)研究室、中醫(yī)流派與文獻(xiàn)信息研究室四個(gè)正式機(jī)構(gòu)，另有中醫(yī)國學(xué)研究所、中醫(yī)流派與民間醫(yī)藥研究中心兩個(gè)研究平臺?，F(xiàn)有教職工26人。

經(jīng)過60多年的發(fā)展，中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究所培養(yǎng)和造就了一大批國內(nèi)外知名的中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)家，如吳考槃、吳貽谷、彭懷仁、宋立人等教授和研究員，完成了一系列在國內(nèi)外有影響的標(biāo)志性中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究成果，如《中醫(yī)學(xué)概論》《中藥大辭典》《諸病源候論校釋》《諸病源候論校注》《中醫(yī)方劑大辭典》《中華本草》《中藥大辭典（第二版）》《中華醫(yī)方》《中醫(yī)古籍珍本集成》《中醫(yī)方劑大辭典（第二版）》《毒性本草類纂》《臺北故宮珍藏版中醫(yī)手抄孤本叢書》以及部分《中醫(yī)古籍整理叢書》《道醫(yī)集成》等，獲多項(xiàng)國家級和省部級科研成果獎，為社會輸送了一大批高級中醫(yī)藥專門人才。

作為國家教育部重點(diǎn)學(xué)科和國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科建設(shè)單位主要基地的中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究院，近年來積極開展中醫(yī)藥古籍與文化、本草學(xué)、方劑學(xué)、臨床病證、民間醫(yī)藥以及中醫(yī)流派等方面的研究工作，主持并完成了國家社科重大和面上項(xiàng)目、科技部支撐計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目、教育部人文社科項(xiàng)目、江蘇省社科重點(diǎn)項(xiàng)目和面上項(xiàng)目、江蘇省自然科學(xué)基金項(xiàng)目等多項(xiàng)在業(yè)界有影響的科研課題以及國家古籍整理與重點(diǎn)圖書出版項(xiàng)目。主編《中醫(yī)文獻(xiàn)學(xué)》《中醫(yī)文化導(dǎo)讀》《本草學(xué)概論》《中醫(yī)養(yǎng)生康復(fù)學(xué)》《中醫(yī)文獻(xiàn)研究與利用》等多部研究生和本科生教材。