藥學(xué)院始建于1960年，其前身為南京中醫(yī)學(xué)院中藥系，是全國創(chuàng)建最早的中藥高等教育院（系）之一，學(xué)院秉承“尚德務(wù)實、精誠卓越”的院訓(xùn)，以立德樹人為根本，歷經(jīng)幾代中藥學(xué)/藥學(xué)人的辛勤耕耘，已經(jīng)成為實力雄厚、教學(xué)科研水平名列前茅的高等中藥教育基地。

學(xué)院由七系（中藥資源與鑒定系、中藥炮制系、中藥制劑系、藥理學(xué)系、中藥化學(xué)與分析系、藥物化學(xué)系、生物制藥與食品科學(xué)系）、兩中心（實驗教學(xué)中心、分析測試中心）和兩合建學(xué)院（新中藥學(xué)院、康緣中藥學(xué)院）組成。與中科院上海藥物所合作共建“新中藥學(xué)院”、與中國中醫(yī)科學(xué)院合作開辦中藥學(xué)“屠呦呦班”，探索培養(yǎng)卓越科學(xué)家（中藥學(xué)“4+5”本博連讀創(chuàng)新拔尖人才）；與附屬康緣藥業(yè)合作共建“康緣中藥學(xué)院”，探索培養(yǎng)卓越工程師（中藥學(xué)“4+3”創(chuàng)新應(yīng)用人才）。下設(shè)三個委員會：學(xué)術(shù)委員會、學(xué)位委員會、教學(xué)委員會。

中藥學(xué)學(xué)科為“雙一流”建設(shè)學(xué)科、國家重點學(xué)科、江蘇省優(yōu)勢學(xué)科，全國第五輪學(xué)科評估中獲得A+，支撐我校化學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、生物學(xué)與生物化學(xué)、神經(jīng)科學(xué)與行為學(xué)、分子生物學(xué)與遺傳學(xué)、農(nóng)業(yè)科學(xué)等5個學(xué)科進入ESI全球排名前1%，藥理學(xué)與毒理學(xué)學(xué)科進入ESI前1‰。中藥資源化學(xué)、中藥炮制學(xué)2個學(xué)科為國家中醫(yī)藥管理局高水平重點學(xué)科。藥學(xué)為江蘇省優(yōu)勢學(xué)科、重點學(xué)科。

本科專業(yè)有中藥學(xué)、中藥資源與開發(fā)、中藥制藥、藥學(xué)、臨床藥學(xué)、藥物制劑、制藥工程、生物制藥、食品質(zhì)量與安全，其中與澳大利亞Griffith University合作舉辦生物制藥（3+1）雙學(xué)位項目，與澳大利亞RMIT University合作舉辦食品質(zhì)量與安全（3+1）雙學(xué)位項目。中藥學(xué)、藥學(xué)、中藥資源與開發(fā)3個專業(yè)入選國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點，中藥學(xué)、中藥資源與開發(fā)為國家特色專業(yè)，中藥制藥、藥物制劑、制藥工程、生物制藥和食品質(zhì)量與安全專業(yè)入選省級一流本科專業(yè)建設(shè)點。生物制藥與食品質(zhì)量與安全專業(yè)為江蘇省合作辦學(xué)高水平示范項目，中藥學(xué)為江蘇省國際化品牌專業(yè)、中藥制藥為江蘇省產(chǎn)教融合品牌專業(yè)、制藥工程專業(yè)為省卓越工程師教育培養(yǎng)計劃2.0專業(yè)。碩士學(xué)位點有藥學(xué)、中藥學(xué)一級學(xué)科科學(xué)學(xué)位碩士點和專業(yè)學(xué)位碩士點；博士學(xué)位點有中藥學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，形成了本科、碩士、博士完整的教學(xué)層次和人才培養(yǎng)體系。中藥學(xué)學(xué)科設(shè)有博士后流動站。

學(xué)院在職職工280余人，其中專任教師230余人。專任教師中具有博士學(xué)位教師占90%以上，有正高74名，副高109名。學(xué)院有全國第二批“黃大年式教師團隊”-中藥資源學(xué)教師團隊，中國工程院院士1人，歐亞國際院士1人，國家973計劃首席科學(xué)家1人、長江學(xué)者1人、國家杰青1人、岐黃學(xué)者1人，青年岐黃學(xué)者2人，國家有突出貢獻中青年專家2人、全國師德建設(shè)先進個人1人、國家藥典委員會委員3人、以及全國中醫(yī)藥高等學(xué)校教學(xué)名師、全國中醫(yī)藥杰出貢獻獎、全國優(yōu)秀教師、全國優(yōu)秀科技工作者、江蘇省特聘教授、江蘇省“五一”勞動獎?wù)芦@得者、江蘇省教學(xué)名師、江蘇省“333”高層次人才等眾多優(yōu)秀專家人才。中藥學(xué)、藥學(xué)學(xué)科有博士研究生導(dǎo)師73名，碩士研究生導(dǎo)師102名。

學(xué)院有中藥學(xué)類國家級實驗教學(xué)示范中心（南京中醫(yī)藥大學(xué)）、中藥學(xué)類國家級虛擬仿真實驗教學(xué)中心（南京中醫(yī)藥大學(xué)），3個省級實驗教學(xué)示范中心，1個省基礎(chǔ)學(xué)科拔尖學(xué)生培養(yǎng)計劃2.0基地，1個省級產(chǎn)教融合重點基地建設(shè)點，36個省級研究生工作站，與附屬江蘇康緣藥業(yè)共建國家級現(xiàn)代產(chǎn)業(yè)學(xué)院。與附屬江蘇康緣藥業(yè)共建中藥制藥過程控制與智能制造技術(shù)全國重點實驗室、國家發(fā)改委中藥資源產(chǎn)業(yè)化與方劑創(chuàng)新藥物國家地方聯(lián)合工程研究中心、教育部中藥炮制規(guī)范化及標準化工程研究中心、江蘇省中藥資源產(chǎn)業(yè)化過程協(xié)同創(chuàng)新中心等省部級以上科研平臺22個。

近年來，學(xué)院牽頭承擔(dān)國家自然科學(xué)基金重大項目、重點項目、杰出青年項目、國際聯(lián)合基金項目，國家重點研發(fā)計劃，國家重大新藥創(chuàng)制專項等科研項目多項；先后獲國家科學(xué)技術(shù)進步獎二等獎3項、省部級科學(xué)技術(shù)獎一等獎6項、新藥證書1項，新藥臨床批件3項，保健食品證書1項。在Chem Rev、Molecular plant、Mol Cell、JACS、Angew等雜志發(fā)表高水平論文90余篇。有國家級精品在線開放課程2門、國家虛擬仿真實驗項目1項、國家級一流課程5門、主編規(guī)劃教材80部，江蘇省重點教材10部，出版代表性主編教材98本。近五年以來，獲得中國學(xué)位與研究生教育學(xué)會教學(xué)成果獎二等獎1項、省級教學(xué)成果二等獎3項、江蘇省研究生教育改革成果獎一等獎、二等獎各1項。省級以上教學(xué)競賽獲獎27人次。承擔(dān)省級及以上教學(xué)改革項目10項。省級產(chǎn)業(yè)教授18名，研究生導(dǎo)師類產(chǎn)業(yè)教授36名。教育部產(chǎn)教協(xié)同育人項目7項。

學(xué)院現(xiàn)有各類學(xué)生5000余人，其中研究生1894人。學(xué)院堅持以學(xué)生為中心的教育理念，以本為本，完善“三全育人”體制機制，“以質(zhì)量為核心，以創(chuàng)新為靈魂”，全面推進教育質(zhì)量文化建設(shè)。獲得全國中醫(yī)藥優(yōu)秀博士學(xué)位論文提名論文2篇，全國藥學(xué)專業(yè)學(xué)位研究生優(yōu)秀學(xué)位論文2篇，江蘇省優(yōu)秀博士、碩士學(xué)位論文35篇，江蘇省優(yōu)秀本科畢業(yè)論文67篇。近三年來，學(xué)院學(xué)生在“挑戰(zhàn)杯”全國大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品競賽中獲得一等獎2項、二等獎3項、三等獎1項，累進創(chuàng)新專項獎1項；獲得“挑戰(zhàn)杯”中國大學(xué)生創(chuàng)業(yè)計劃競賽銀獎2項、銅獎2項；獲得中國國際“互聯(lián)網(wǎng)＋”大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽銀獎1項；獲得全國大學(xué)生生命科學(xué)競賽二等獎2項；獲得全國大學(xué)生創(chuàng)新體驗競賽一等獎1項、三等獎4項。

學(xué)院以開放的視野，積極開展國內(nèi)外交流與合作，努力提高人才培養(yǎng)質(zhì)量。學(xué)院與美國Harvard Medical School、澳大利亞Griffith University、澳大利亞RMIT University、英國Queen's University（Belfast）、加拿大University of Toronto、香港浸會大學(xué)、香港科技大學(xué)、澳門大學(xué)、澳門科技大學(xué)、中國科學(xué)院上海藥物研究所、中國中醫(yī)科學(xué)院、軍事科學(xué)院軍事醫(yī)學(xué)研究院毒物藥物研究所、江蘇省中國科學(xué)院植物研究所、中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)、北京大學(xué)、清華大學(xué)、浙江大學(xué)、南京大學(xué)、中國藥科大學(xué)等國內(nèi)外著名高校與科研院所建立了長期穩(wěn)定的教學(xué)科研協(xié)作關(guān)系。與全國醫(yī)藥企業(yè)、研究院所、藥檢院（所）、醫(yī)院等130余家單位建立了穩(wěn)定的教學(xué)實習(xí)基地。教學(xué)、科研和科技成果轉(zhuǎn)化總體實力位居全國同類院系前列。

學(xué)院將牢固確立人才培養(yǎng)的中心地位，樹立科學(xué)的高等教育發(fā)展觀，堅持穩(wěn)定規(guī)模、優(yōu)化結(jié)構(gòu)、強化特色、注重創(chuàng)新，走以質(zhì)量提升為核心的內(nèi)涵式發(fā)展道路。將進一步彰顯中藥學(xué)專業(yè)優(yōu)勢和特色，緊貼行業(yè)需求，聚焦中藥學(xué)“雙一流”學(xué)科建設(shè)，提高治理能力和治理水平，注重教學(xué)和科研并舉，積極發(fā)展學(xué)院和企業(yè)聯(lián)盟，砥礪前行，把學(xué)院建設(shè)成為師資力量雄厚、教學(xué)科研成果均居國內(nèi)同類院系前列的一流藥學(xué)院，為我國醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)的發(fā)展貢獻力量。