中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“上海藥物所”）的研究生教育始于1955年，是中國(guó)科學(xué)院研究生培養(yǎng)工作開(kāi)展最早的單位之一。2000年經(jīng)國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)審核，獲批藥學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士、博士學(xué)位授予權(quán)，2010年獲批藥學(xué)碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位授予權(quán)，2018年獲批中藥學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授予權(quán)。在全國(guó)第五輪學(xué)科評(píng)估中，藥學(xué)學(xué)科取得A+的優(yōu)秀成績(jī)，中藥學(xué)學(xué)科取得B+的成績(jī)。2014年，中國(guó)科學(xué)院大學(xué)（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“國(guó)科大”）批準(zhǔn)以上海藥物所為主體成立中國(guó)科學(xué)院大學(xué)藥學(xué)院，是國(guó)科大集中培養(yǎng)高層次藥物研發(fā)創(chuàng)新人才的專(zhuān)業(yè)學(xué)院。2019年，通過(guò)聯(lián)合辦學(xué)牽頭建設(shè)國(guó)科大杭州高等研究院藥物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院、長(zhǎng)三角藥學(xué)高等工程學(xué)院、中國(guó)科學(xué)院藥物創(chuàng)新研究院中山藥學(xué)院。截至2022年年底，共培養(yǎng)國(guó)科大學(xué)籍研究生2438人，聯(lián)合培養(yǎng)研究生1227人?，F(xiàn)有在讀學(xué)生總數(shù)2220余人，其中國(guó)科大學(xué)籍研究生720余人，聯(lián)合培養(yǎng)研究生1500余人（含分支學(xué)院）?，F(xiàn)有在崗研究生導(dǎo)師169人，其中博士生導(dǎo)師121人。

近年來(lái)，上海藥物所研究生教育始終以習(xí)近平新時(shí)代中國(guó)特色社會(huì)主義思想為指導(dǎo)，緊扣中國(guó)科學(xué)院“三個(gè)面向、四個(gè)率先”的辦院方針，堅(jiān)持“科教融合、育人為本、協(xié)同創(chuàng)新、服務(wù)國(guó)家”的辦學(xué)理念，始終面向人口健康和可持續(xù)發(fā)展等急迫需求，不斷加強(qiáng)一流學(xué)科建設(shè)。建設(shè)重點(diǎn)包括：完善學(xué)科布局，大力發(fā)展藥學(xué)新興交叉學(xué)科，構(gòu)建現(xiàn)代中藥學(xué)學(xué)科體系；依托研究所的人才布局和機(jī)構(gòu)調(diào)整，凝聚多領(lǐng)域、高水平的科研團(tuán)隊(duì)和師資隊(duì)伍；推進(jìn)分支學(xué)院建設(shè)，探索多元化、創(chuàng)新型的辦學(xué)體制和培養(yǎng)模式；聚焦關(guān)鍵核心技術(shù)，創(chuàng)制并持續(xù)產(chǎn)生具有重大國(guó)際影響的新藥，在學(xué)科內(nèi)涵和質(zhì)量、教育教學(xué)水平、科技創(chuàng)新能力、服務(wù)社會(huì)貢獻(xiàn)度等方面實(shí)現(xiàn)了新的跨越提升。