東南大學(xué)交通學(xué)院的前身可追溯到上世紀(jì)二、三十年代的國立東南大學(xué)交通運輸系及國立中央大學(xué)土木工程系的路工組，50～80年代南京工學(xué)院土木工程系的道路教研組，1987年成立的運輸工程研究所，1989年成立的交通運輸工程系。

1995年，東南大學(xué)為適應(yīng)當(dāng)時國家對交通建設(shè)人才急切需求的大好形勢及加強交通運輸學(xué)科建設(shè)的需要，在原運輸工程研究所、交通運輸工程系的基礎(chǔ)上組建成立交通學(xué)院。

2000年4月，原東南大學(xué)與（交通部）原南京交通高等?？茖W(xué)校、（鐵道部）原南京鐵道醫(yī)學(xué)院、（國土資源部）原南京地質(zhì)學(xué)校合并，成立新東南大學(xué)。其中，原南京交通高等?？茖W(xué)校及原南京地質(zhì)學(xué)校的部分學(xué)科、專業(yè)并入交通學(xué)院，組建成立新交通學(xué)院。

交通學(xué)院包含6大學(xué)科方向、7個系、38個科研團隊（中心），形成了以交通運輸工程國家一級重點學(xué)科為核心，以交通運輸規(guī)劃與管理、道路與鐵道工程2個國家二級重點學(xué)科為龍頭，以交通信息工程及控制、載運工具運用工程、巖土工程江蘇省重點學(xué)科、橋梁與隧道工程博士點學(xué)科為支撐，交通測繪與信息技術(shù)、交通安全工程、交通地下工程、港口航道工程學(xué)科為生長點的學(xué)科布局。以“系+科研團隊（中心）”為核心建立教學(xué)科研管理制度，并建立跨學(xué)科的新型科研團隊（中心），實現(xiàn)科學(xué)研究、人才培養(yǎng)與社會服務(wù)的一體化。

交通學(xué)院目前有在編教職工255人，專任教師194人，教授81人，副教授88人。師資隊伍中，中國工程院院士2人、國務(wù)院學(xué)科評議組成員2人、國家教學(xué)名師2人、國家高層次人才計劃24人、國家青年人才計劃26人。3人擔(dān)任專業(yè)教指委主任/副主任/委員，32人次在學(xué)/協(xié)會擔(dān)任理事和常務(wù)理事，48人次擔(dān)任期刊主編/副主編，120人次擔(dān)任有影響力國際學(xué)術(shù)會議大會主席/副主席。