植物保護學院圍繞學科領域發(fā)展前沿，立足國家和區(qū)域建設人才及技術需求，以創(chuàng)新有害生物安全控制理論和技術為主線，同時遵循“明德崇智、厚樸篤行”的校訓精神，本著“把論文寫在大地上”的總體思路，力爭建成我國重要的、具有東北地域特色的植物保護人才培養(yǎng)、科學研究及社會服務基地。

植物保護學院下設植物保護、應用生物科學2個本科專業(yè)。

植物保護專業(yè)創(chuàng)建于1959年，是學校設立最早的專業(yè)之一，構建了以專業(yè)課教學實習、畢業(yè)論文設計與生產實踐“三位一體”的綜合實踐教學模式，形成了具有特定內容與特點的“產學研一體化人才培養(yǎng)模式”。植物保護專業(yè)是國家首批“卓越農林拔尖創(chuàng)新型人才教育培養(yǎng)計劃改革試點”專業(yè)和“專業(yè)綜合改革試點”專業(yè)，吉林省首批高等學校本科品牌專業(yè)和“十二五”本科特色專業(yè)。

應用生物科學專業(yè)是李玉院士領導下創(chuàng)建的新興特色專業(yè)，2007年申請成立，2009年批準招生，是我國第一個以菌類作物為特色的全日制本科專業(yè)，經過多年的教學實踐，已建設形成“點-線-面”結合的專業(yè)人才培養(yǎng)體系，是區(qū)域經濟建設服務和“三農”服務培養(yǎng)專業(yè)人才的重要專業(yè)。