高等教育研究所成立于1986年，主要承擔有關高等教育問題的理論和實證研究、本校改革發(fā)展的調研和咨詢、以及研究生培養(yǎng)等任務。高等教育研究所的前身是教務處轄下的高教研究室，1986年1月正式成立獨立建制的高等教育研究所。經過30余年的建設，高等教育研究所不斷發(fā)展，在機構功能、隊伍結構、工作領域、設施設備、圖書資料等方面均有了很大的變化。

本所目前有專職人員17人，其中正高職稱6人，副高職稱6人，中級職稱4人，具有博士學位者12人。專職導師12人（其中博士生導師5人），所外兼職導師9人。

人才培養(yǎng)方面，我所現設有三個碩士學位點、一個博士學位點以及一個教育專業(yè)碩士點。高等教育學專業(yè)碩士學位點（1996年獲準，1997年首次招生），主要培養(yǎng)高等教育問題研究高級專門人才。碩士生畢業(yè)后大多在高等院校任職。教育經濟與管理專業(yè)碩士學位點（2003年獲準，2004年首次招生），主要培養(yǎng)教育經濟問題研究高級專門人才。從前幾年就業(yè)的情況看，該專業(yè)畢業(yè)生的就業(yè)形勢很好，他們大多在國內大型公司和高等院校任職。課程與教學論專業(yè)碩士學位點（2005獲準，2006年首次招生），主要培養(yǎng)課程與教學問題研究高級專門人才。教育經濟與管理專業(yè)博士學位點（2012年獲準授權，2013年首次招生），主要培養(yǎng)具有本學科重大問題研究能力的高級專門人才。

研究方面，我所立足于為學校改革發(fā)展服務，緊密配合校內各項改革開展專題研究，積極為學校的發(fā)展規(guī)劃和重要決策提供信息與咨詢。同時，積極承接國家、上海市、學校職能部門的研究課題，取得了不少研究成果。建所以來,已出版專著、教材和譯著近30部，發(fā)表各類學術論文近500篇，獲國家獎一項，部委省市級獎十五項。近三年來,共出版專著5部,教材3部,譯著2部,在CSSCI核心刊物上發(fā)表論文46篇,獲得科研項目15個。另外，1986年高等教育研究所創(chuàng)辦了內部刊物《復旦教育》，為學校的改革發(fā)展提供了學術交流和信息傳播的平臺。2002年5月，經國家新聞出版署批準，《復旦教育》與原上海醫(yī)科大學的《國外醫(yī)學—醫(yī)學教育分冊》合并，自2003年起創(chuàng)辦《復旦教育論壇》(雙月刊)，面向國內外公開發(fā)行。經過幾年的努力，《復旦教育論壇》自2007年12月起先后被評為《中文核心期刊要目總覽》核心期刊，中文社會科學引文索引（CSSCI）來源期刊，《中國學術期刊評價研究報告》A類核心期刊，“復印報刊資料”重要轉載來源期刊，中國人文社會科學A類核心期刊。

學術交流方面，我所與美國、加拿大、英國、日本、中國香港、中國臺灣等地20多所大學的教育學院或教育研究機構建立起了密切的學術合作關系，并且經常開展學術交流活動。另外，近年來，我所還多次組織召開了國際國內高等教育學術研討會。