青海大學藏醫(yī)學院始建于1987年，其前身是青海藏醫(yī)學院。1995年青海藏醫(yī)學院與青海醫(yī)學院整合。1999年青海省人民政府批準青海藏醫(yī)學院為青海金訶藏醫(yī)藥集團組建單位之一。2004年，青海醫(yī)學院與原青海大學整合，組建新的青海大學，青海藏醫(yī)學院更名為青海大學藏醫(yī)學院。2016年，青海大學藏醫(yī)學院升格為青海大學二級學院，直屬青海大學管理。

青海大學藏醫(yī)學院是培養(yǎng)高素質創(chuàng)新型藏醫(yī)藥人才的搖籃，現(xiàn)設有藏醫(yī)學、藏藥學兩個本科專業(yè)。已形成集本科生、研究生、留學生、成人教育為一體的藏醫(yī)藥學高等教育辦學新格局。構建了以藏醫(yī)藥教學為主，藏西醫(yī)結合為特色，實行傳統(tǒng)加現(xiàn)代，傳承與創(chuàng)新同步，校企聯(lián)合、產學研醫(yī)文化相結合的藏區(qū)藏醫(yī)藥創(chuàng)新人才培養(yǎng)模式。學院擁有一支教學經驗豐富、科研能力強、愛崗敬業(yè)的師資隊伍，專任師資隊伍中，高級職稱人數(shù)占59%，具有博士學位教師人數(shù)占80.4%。學院現(xiàn)有非直屬附屬藏醫(yī)醫(yī)院1個，臨床實習醫(yī)院17個，實踐教學基地2個，野外采認藥教學基地2個，創(chuàng)新人才培養(yǎng)基地4個。先后牽頭完成“全國藏藥學專業(yè)本科（四年制）系列教材”（11種）、“21世紀藏醫(yī)本科教育規(guī)劃教材”（26種）、“面向21世紀課程教材”（28種）、“藏醫(yī)藥學專業(yè)研究生試用教材”（13種）等近80部教材的編寫編譯出版工作，全面建立了具有傳統(tǒng)民族醫(yī)藥特色的教材體系。榮獲教育部高等教育國家級教學成果二等獎和青海省省級教學成果獎多項。

2000年獲得藏醫(yī)學學術學位碩士授予權，2006年獲得民族醫(yī)學（藏醫(yī)藏藥）博士學位授予權，實現(xiàn)了青海省高等教育博士點零的突破。2007年藏醫(yī)學被確定為省級重點學科。2009年獲批第五批高等學校國家級特色專業(yè)建設點、國家級藏醫(yī)藥學實驗教學示范中心建設單位，“藏醫(yī)藥繼承與創(chuàng)新研究”被確定為青海大學“211工程”三期重點建設學科。2010年獲批國家級藏醫(yī)藥學教學團隊、國家教育體制改革試點項目--“創(chuàng)新藏區(qū)藏醫(yī)藥人才培養(yǎng)模式”。2009年、2011年連續(xù)兩次獲批青海省藏醫(yī)藥領域人才“小高地”建設單位。2015年獲批藏醫(yī)學專業(yè)學位碩士授予權。2016年，獲批青海省首批“高端創(chuàng)新人才千人計劃”藏醫(yī)藥防治重大疾病創(chuàng)新團隊，同年招收首批藏醫(yī)學專業(yè)碩士學位留學生。2019年，分別獲批國家級藏醫(yī)藥國際合作基地（青海）、中醫(yī)藥高層次人才培養(yǎng)基地、藏藥新藥開發(fā)國家重點實驗室（校企共建），藏醫(yī)藥學入選青海省“國內一流”建設學科、藏醫(yī)學入選國家級一流本科專業(yè)建設行列。2021年獲批中醫(yī)學（藏醫(yī)）一級學科博士點、中醫(yī)學一級學科碩士點。2022年獲批藏醫(yī)學專業(yè)國家級虛擬教研室、《藏醫(yī)方劑學與瀉治學》國家級一流課程。2023年獲得高等教育（研究生）國家級教學成果獎二等獎。

學院立足青海，輻射全國，走向世界。先后與西藏藏醫(yī)學院、北京中醫(yī)藥大學、成都中醫(yī)藥大學、美國洛杉磯加州大學（UCLA）、美國象雄國際學院等20余所國內外知名院校建立了廣泛的合作關系，相繼出國訪問、講學、考察和交流，向日本、美國輸送藏醫(yī)藥學人才，并在美國弗吉尼亞大學開設藏醫(yī)學選修課程，對宣傳和傳播藏醫(yī)藥學優(yōu)秀傳統(tǒng)文化起到了極大的推動和促進作用。

新時期，學院將全面貫徹黨的教育方針，繼續(xù)秉承“明德尚行，博古通今”這一辦學理念，不斷深化教育教學改革，力爭把藏醫(yī)藥學學科建設成為世界一流的特色學科和國內競爭力十足的優(yōu)勢學科；把青海大學藏醫(yī)學院建設成為在整體辦學實力、教育教學質量、藏醫(yī)藥科研水平等方面處于國內同行中領先地位，并能夠主動適應和服務于青海經濟建設、社會發(fā)展、科技進步的人才培養(yǎng)基地和藏醫(yī)藥研究開發(fā)基地。為社會輸送更多的傳承型、實用型、復合型人才，為藏醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展做出更大貢獻。